Las caterísticas tisulares y celulares microscópicas internas se observan con microscopios ópticos o electrónicos de transmisión (excepto si queremos ver superficies, para lo que usamos el microscopio electrónico de barrido). Con estos aparatos sólo se pueden observar grosores muy pequeños de tejido por problemas de difusión y penetración de la luz en el caso de los microscopios ópticos y de penetración de los electrones en el caso del microscopio electrónico de transmisión. Por tanto tenemos que hacer secciones de los tejidos que queremos estudiar, que pueden ir desde un grosor de unos cuantos nanometros hasta centenares de micras. Algunos tejidos como los vegetales, por sus características celulares, permiten su observación en secciones de cientos de micras. Como hemos mencionado en los capítulos anteriores, podemos decir que cuanto más delgada queramos hacer una sección de tejido más endurecido ha de estar dicho tejido. La dureza de los tejidos depende de sus características (por ejemplo, las paredes celulares hacen a los vegetales tejidos duros), de la fijación que hayamos realizado y sobre todo del material en que hayamos incluido dicho tejido. Una manera más directa de endurecer el tejido es mediante congelación.

Los aparatos mecánicos para hacer secciones de un grosor de micrómetros se denominan microtomos y existen diferentes tipos según el grosor que queramos conseguir en nuestras secciones, el medio de inclusión en el que se encuentre el tejido o si se ha endurecido por congelación o por inclusión. Los microtomos más usados son:

Microtomo para parafina: Se utiliza principalmente para material incluido en parafina y se obtienen secciones de 5 a 20 µm de grosor, para observar con el microscopio óptico.

Vibratomo: Corta material no incluido, aunque sí fijado o duro, en secciones de 30 a centenares de µm de grosor, para observar con el microscopio óptico.

Microtomo de congelación: Con él se consiguen secciones de 30 a unas 100 µm de material congelado para su observación con el microscopio óptico.

Criostato: Consigue secciones a partir de material congelado y se obtienen grosores de 10 a 40 µm, para observar con el microscopio óptico.

Ultramicrotomo: Con él se corta material incluido en resinas y se obtienen secciones del orden de nanometros de grosor, para observar con el microscopio electrónico de transmisión.

Ultracriotomo: Su uso no está muy extendido pero se suele emplear cuando se necesitan secciones del orden de nanometro de material que no se debe incluir, para observar con el microscopio electrónico de transmisión.

Los aparatos de corte más usados tradicionalmente para estudiar las características generales de los tejidos y de las células son el microtomo para material incluido en parafina para observaciones con el microscopio óptico y el ultramicrotomo para observaciones con el microscopio electrónico de transmisión. El criostato se usa también frecuentemente en microscopía óptica por el ahorro de tiempo que supone ya que no necesita incluir el tejido, incluso se puede cortar material no fijado.